工藤新一和黑羽快斗是《名侦探柯南》中最被人看好的角色，本身也是青山刚昌笔下的着重描写对象，所以基本上动漫中出现的都是他们的剧情。只是因为主配角的原因，所以工藤新一更占上风。
但是工藤新一面临很大的问题，从第一集开始变小以来，就受到了黑衣组织的困扰。他们使得新一变成了现在这副模样，尽管外表是小学生，但是内心还是一个成熟稳重的少年。工藤新一的当务之急就是找出琴酒等人的下落。
不过到目前为止，工藤新一还是一头雾水，没有关于黑衣组织的任何消息，只好继续隐藏身份然后继续寻找他们的下落。工藤新一还是一个手无缚鸡之力的高材生，但是毛利兰却会空手道。
这对于工藤新一来说是一件好事，因为小兰也可以在需要的时候帮上忙。如果毛利兰、工藤新一还有怪盗基德三人强强联手，他们能击败黑衣组织吗？答案不得而知，毕竟青山刚昌也没有介绍组织的背景，所以难以推断，只是有了怪盗基德的帮助，新一的未来之路会更顺畅一点。